با توجه به گستردگی انتشار کتابهای دکتر سها در فضای مجازی، طرح پاسخ به شبهات کتابهای دکتر سها در دستور کار بنیاد پاسخگویی کمال وابسته به مؤسسه کمال قرار گرفت و در این زمینه پایاننامههای زیادی به نگارش در آمده و یا در حال نگارش است.
برخی از مهمترین آنها عبارت است از:
1ـ «نقد شبهات معاصر در مورد علوم طبیعی در قرآن (بررسی فصل دوم کتاب نقد قرآن "دکتر سها")» در مقطع سطح چهار حوزه علمیه در شهر مقدس قم از سوی «آقای یوسف جمالی» که از ماه بهمن سال 1393 شمسی شروع شده و در 16 تیر سال 1397 شمسی دفاع شده است.
2ـ «بررسی شبهات ناظر به انتساب صفت ظلم به خداوند در قرآن کریم» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده تفسیر و معارف قرآن کریم در شهر مقدس قم از سوی «خانم سمانه تمیزی» که در سال 1394 شمسی شروع شد و در ماه آذر سال 1395 شمسی دفاع شده است.
3ـ «بررسی شبهات موهم نظام طبقاتی قرآن» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده تفسیر و معارف قرآن در شهر قم که از سوی «خانم مینا موسوی» در سال 1394 شمسی شروع شد و در دی ماه سال 1395 شمسی مورد دفاع قرار گرفت.
4ـ «پاسخ به شبهات مربوط به پیشرفت و آزادی در قرآن» در مقطع دکترای تخصصی از دانشکده اصول دین در شهر مقدس قم که از جانب «آقای ایرج محبوبی» در مهر سال 1394 شمسی شروع شده و در 23 شهریور سال 1396 شمسی دفاع شده است.
5ـ «تحلیل انتقادی نظریه اسطوره انگاری داستانهای قرآن» در مقطع دکترای تخصصی از دانشکده اصول دین از سوی «خانم فاطمه تقویان» که از سال 1394 شمسی نگارش آن آغاز شده است.
6ـ «مقام و شخصیت پیامبر (صلی الله علیه و آله) در قرآن کریم با تأکید بر شبهات جدید» در مقطع دکترای تخصصی از دانشکده اصول دین شعبه تهران از سوی «خانم طیبه صداقتی» که از پاییز سال 1394 شمسی آغاز شده است.
7ـ «مقام و منزلت انسان در قرآن با تأکید بر نقد شبهات جدید (بررسی فصل نهم کتاب نقد قرآن)» در مقطع دکترای تخصصی از دانشکده اصول دین، شعبه تهران، از سوی «خانم اکرم منتظری» که از پاییز سال 1394 شمسی شروع شده و در 20 اسفند سال 1397 شمسی با نمره 19 دفاع شده است.
8ـ «نقد شبهات ناظر برخی اشکالات ادبی در قرآن (بر اساس کتاب "دکتر سها")» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده علوم و فنون قرائت قرآن (دانشگاه علوم و معارف قرآن کریم) در شهر تهران که از سوی «خانم صدیقه فرهادیان» در سال 1394 شمسی شروع شد و در 27 ماه اردی بهشت سال 1396 شمسی مورد دفاع قرار گرفت.
9ـ «نقض شبهات زراندوزی و جاهطلبی پیامبر اکرم (صلی الله علیه و آله)» که توسط «آقای مهدی موحدی راد» در ماه اسفند سال 1394 شمسی در مقطع دکترای تخصصی از دانشکده اصول الدین در شهر مقدس قم شروع شده است.
10ـ «نقد شبهات ناظر به آموزههای سیاسی و حکومتی قرآن و سنت پیامبر اکرم (صلی الله علیه و آله)» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده تفسیر و معارف قرآن در شهر مقدس قم که از سوی خانم «زینب عباسزاده» در سال 1394 شمسی شروع شد و در سوم ماه اسفند سال 1395 شمسی دفاع شده است.
11ـ «رد شبهات معاصر پیرامون کیهانشناسی قرآنی» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده تفسیر و معارف قرآن در شهر قم که از سوی خانم «هاجر بهرامی» در سال 1394 شمسی آغاز شده است.
12ـ «پاسخ به شبهات خشونتطلبی پیامبر اکرم (صلی الله علیه و آله) در قرآن کریم» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده تفسیر و معارف قرآن در شهر مقدس قم که از سوی «خانم آرزو خواجه» در سال 1394 شمسی شروع شده و در دوم ماه اسفند سال 1395 شمسی دفاع شده است.
13ـ «زهد پیامبراکرم (صلی الله علیه و آله) با تأکید بر نقد شبهات تأمین جنسی (بررسی فصل هفتم کتاب نقد قرآن "دکتر سها")» در مقطع دکترا از دانشگاه معارف اسلامی در شهر قم از سوی «آقای اباذر جعفری» که از بهار 1394 شمسی شروع شده و در روز شنبه: هفتم مهر سال 1397 شمسی دفاع شده است.
14ـ «تحلیل اوصاف انسان در قرآن با رویکرد پاسخگویی به شبهات کتاب نقد قرآن» که توسط «خانم یلدا قدسی» در مقطع سطح سه از جامعة الزهراء (علیها السلام) در شهر مقدس قم در سال 1394 شمسی تصویب و شروع به نگارش شده است.
15ـ «ازدواجهای پیامبر (صلی الله علیه و آله) در قرآن با پاسخگویی به شبهات جدید (شبهات مستشرقان و کتاب "نقد قرآن")» در مقطع دکترای تخصصی از مدرسه عالی قرآن و حدیث در مجتمع عالی امام خمینی از جامعة المصطفی العالمیه در شهر مقدس قم از سوی «آقای محمدحسین اکرمی» که در سال 1395 شمسی شروع شده است.
16ـ «آسمان در قرآن و بررسی شبهات مرتبط با آن (با تأکید بر پاسخگویی به کتاب نقد قرآن "سها")» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشگاه معارف اسلامی در شهر مقدس قم که از ماه آذر سال 1395 شمسی از سوی «خانم راحیل قربانی» در حال نگارش است.
17ـ «آثار تربیتی تعهدات اخروی با رویکرد پاسخ به کتاب نقد قرآن "دکتر سها"» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده اصول دین در شهر قم از سوی «آقای محمدحسن طوسی» که از سال 1395 شمسی شروع شده است.
18ـ «نقد شبهات معاصر در مورد آزادی، عقیده و بیان در قرآن (بررسی فصول 6 و 10 و 14 و 15 و 16 و 17 کتاب نقد قرآن "دکتر سها") در مقطع دکترای تخصصی از دانشگاه آزاد اسلامی خوراسگان (اصفهان) از سوی «آقای سید ایوب نجیبی» که از فصل بهار سال 1395 شمسی شروع شده است.
19ـ «کرامت زن در قرآن با تأکید بر پاسخ به شبهات کتاب "نقد قرآن"» در رشته تفسیر و علوم قرآن در مقطع سطح سه از جامعة الزهراء (علیها السلام) در شهر مقدس قم از سوی «خانم ثریا شاعیدی» که از سال 1395 شمسی شروع شده و در روز پنج شنبه هفتم تیر سال 1397 شمسی در ساعت 8 صبح مورد دفاع قرار گرفته است.
20ـ «اخلاق اجتماعی در قرآن با محوریت نقد قرآن "دکتر سها"» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده علوم قرآنی در شهر اصفهان که توسط «خانم صدیقه صابری» از سال 1395 شمسی شروع شده و در 25 دی سال 1396 شمسی دفاع شده است.
21ـ «قیامت در قرآن با تأکید بر نقد شبهات کتاب نقد قرآن» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده اصول دین در شهر تهران که از سوی خانم «فاطمه ارسی» در سال 1395 شمسی شروع شده است.
22ـ «نقض شبهات اتهام اخلاق طبقاتی در قرآن» که از سوی «آقای سید مهدی جلیل پور» در مقطع دکترای تخصصی از دانشکده اصول دین در شهر مقدس قم، در سال 1395 شمسی، شروع به نگارش شده و در 15 اسفند سال 1396 شمسی دفاع شده است.
23ـ «دلائل قرآنی نبوت پیامبر اکرم (صلی الله علیه و آله) با رویکرد پاسخ به شبهات کتاب نقد قرآن "دکتر سها"» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده علوم قرآنی در شهر اصفهان که از سوی «خانم رقیه صادقی» در سال 1395 شمسی شروع شده است.
24ـ «روشهای هدایت قرآن با تأکید بر نقد قرآن» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده اصول دین در شهر تهران که از سوی «خانم صدیقه قمی تفرشی» در سال 1395 شمسی آغاز شده و در روز چهارشنبه پنجم اردیبهشت سال 1397 شمسی با امتیاز 19 دفاع شده است.
25ـ «بررسی و پاسخ به شبهات تعارض در آیات قرآن (در خصوص آیات مربوط به خداشناسی)» در مقطع سطح سه از مؤسسه آموزش تخصصی علم کلام در شهر قم که توسط «آقای قاسم محبی» در ماه مهر سال 1395 شمسی شروع به نگارش شده و در اسفند سال 1397 شمسی دفاع شده است.
26ـ «نظریه اخلاق فراطبقاتی قرآن با رویکرد پاسخ به شبهات» در مقطع دکترای تخصصی از دانشکده تفسیر و معارف قرآن در شهر مقدس قم که توسط «آقای عبدالحسین شورچه» از ماه بهمن سال 1395 شمسی آغاز شده است.
27ـ «بررسی شبهه تناقض در قرآن با توجه به کتاب نقد قرآن دکتر سها» که توسط «حسین صداقت» در مقطع سطح سوم از مرکز آموزش تخصصی کلام (مؤسسه امام صادق [علیه السلام]) در شهر قم از سال 1395 شمسی شروع شده است.
28ـ «نقد شبهات ناظر به انتساب اضلال به خداوند با تأکید بر شبهات "دکتر سها"» که توسط «خانم لیلا نادری» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده تفسیر و معارف قرآن در شهر مقدس قم از ماه اسفند سال 1395 شمسی شروع شده و در 20 اسفند سال 1396 شمسی دفاع شده است.
29ـ «بررسی شبهات قابل فهم بودن قرآن با تکیه بر کتاب "نقد قرآن"» که توسط «خانم هاجر جوادی» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده تفسیر و معارف قرآن در شهر مقدس قم، از ماه بهمن سال 1395 شمسی شروع به نگارش شده است.
30ـ «عدالت در نظام حقوقی قرآن با رویکرد پاسخ به شبهات (موانع عدالت در قرآن بر اساس کتاب نقد قرآن "دکتر سها")» که توسط «آقای نجیب الله حکیمی» در مقطع دکترای تخصصی در مدرسه عالی قرآن و حدیث از مجتمع آموزش عالی امام خمینی (قدس سره) وابسته به جامعة المصطفی العالمیه در شهر قم از دی ماه سال 1395 شمسی شروع شده است.
31ـ «نظام عادلانه طبقات اجتماعی در قرآن و نقد شبهات مربوط به آن (مطالعه موردی: کتاب نقد قرآن دکتر سها)» که توسط «آقای محمد مهدی غریبی» در مقطع دکترای تخصصی در دانشگاه قرآن و حدیث شعبه تهران در اسفند سال 1395 شمسی شروع شده است.
32ـ «نقد و بررسی شبهات پیرامون عدالت، آزادی و پیشرفت در آیات قرآن» که از سوی «آقای محمداسماعیل ابراهیمی فرد» در مقطع سطح سه از حوزه علمیه در شهر مقدس قم در ماه اسفند سال 1395 شمسی شروع شده و در 12 بهمن ماه سال 1396 شمسی دفاع شده است.
33ـ «بررسی شبهات ناظر به احکام قضایی قرآن با تأکید بر کتاب "نقد قرآن"» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده تفسیر و معارف قرآن در شهر مقدس قم که از سوی «خانم الهام اسلامی» از سال 1396 شمسی شروع به نگارش شده و در 21 اسفند سال 1396 شمسی دفاع شده است.
34ـ «نقد شبهات پیرامون قتل غیر مسلمانان در قرآن با محوریت کتاب نقد قرآن "دکتر سها"» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده علوم قرآنی دولتآباد اصفهان که توسط «خانم عاطفه کیخسروی» از بهار سال 1396 شمسی شروع به نگارش شده است.
35ـ «نقد شبهات اقتصادی با تأکید بر شبهات نقد قرآن "سها"» که توسط «آقای سید علی حسینی» در مقطع دکترای تخصصی از جامعة المصطفی العالمیه در شهر مشهد مقدس، از 20 شهریور ماه سال 1396 شمسی شروع به نگارش شده است.
36ـ «بررسی شبهات مرتبط با تأمین مالی حضرت محمد (صلی الله علیه و آله) در قرآن با تأکید بر کتابهای "دکتر سها"» در مقطع سطح سه حوزه علمیه در شهر قم که از ماه آذر سال 1396 شمسی از سوی «سید میر شمس الله سید رضایی» شروع به نگارش شده است.
37ـ «بررسی و نقد دیدگاههای "دکتر سها" درباره جایگاه زن در قرآن» که از سوی «آقای علی عادلی» در مقطع سطح چهار حوزه علمیه در شهر قم در ماه آذر سال 1396 شمسی تصویب و شروع به نگارش شده است.
38ـ «بررسی نسخ آیات قرآن با محوریت شبهات کتاب نقد قرآن دکتر سها» که توسط «خانم مینا امامی» از 27 فروردین سال 1397 شمسی، در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده علوم قرآنی دولتآباد اصفهان شروع شده و در 30 مهر سال 1397 شمسی، دفاع شده است.
39ـ «توازن حقوق و تکالیف زن با رویکرد پاسخ به شبهات» که توسط «آقای عبدالحکیم عادلی» در مقطع دکترای رشته قرآن و حقوق در مجتمع آموزش عالی قرآن و حدیث (وابسته به جامعة المصطفی) در شهر قم در فروردین سال 1397 شمسی شروع شده است.
40ـ «بررسی شبهات مرتبط با پاسخگویی قرآن به نیازهای انسان معاصر با تأکید بر کتابهای "دکتر سها"» که از سوی «خانم فاطمه صمدی» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده تربیت مدرس قرآن در شهر مشهد از اردیبهشت سال 1397 شمسی شروع به نگارش شده است.
41ـ «نقد شبهات کتاب نقد قرآن سها در حوزه جهاد» که توسط «خانم مژگان میرزایی» در مقطع سطح چهار رشته تفسیر با گرایش علوم و معارف قرآن از جامعةالزهرا (علیها السلام) از 24 اردیبهشت 1397 شمسی شروع به نگارش شده است.
42ـ «بررسی اتهام تنافی احکام فقهی قرآن با شخصیت انسانی» که توسط «آقای سید مرتضی اخلاقی» از سه شنبه: 7 شهریور 1397 شمسی در مقطع کارشناسی ارشد از جامعة المصطفی العالمیه در شهر مشهد مقدس شروع به نگارش شده است.
43ـ «جبر و اختیار در قرآن با رویکرد پاسخ به شبهات معاصر» که توسط «آقای مجید بامشاد» از مهر سال 1397 شمسی در مقطع سطح سه تفسیر از حوزه علمیه قم شروع به نگارش شده است.
44ـ «بررسی شبهات مرتبط با دنیا در قرآن با تأکید بر کتاب نقد قرآن دکتر سها» که از سوی «آقای کیوان احمدی» در آبان سال 1397 شمسی، در مقطع سطح سه از مرکز تخصصی کلام امام صادق (علیه السلام) در شهر قم شروع شده است.
45ـ «جایگاه زن در قرآن با رویکرد شبهات دکتر سها» که توسط «خانم سیده نرجس موسوی» از خرداد سال 1397 شمسی، در مقطع کارشناسی ارشد علوم قرآن و حدیث از دانشکده اصول دین قم شروع شده است.
46ـ «بررسی نسبت میان اراده خدا و اراده انسان در هدایت با تأکید بر شبهات دکتر سها» که توسط «آقای سلیمان کاکاوند» در مقطع سطح سه تفسیر از حوزه علمیه قم از آذر ماه سال 1397 شمسی شروع به نگارش شده است.
47ـ «نقد شبهات کتاب نقد قرآن دکتر سها در زمینه خداشناسی» که توسط «آقای محمد خواجه اختران» در مقطع کارشناسی ارشد کلام از دانشکده شیعهشناسی از دانشگاه ادیان و مذاهب در شهر قم از ماه دی سال 1397 شمسی شروع به نگارش شده است.
48ـ «شبهات مرتبط با آزادیهای سیاسی در قرآن با تأکید بر کتاب نقد قرآن دکتر سها» که توسط «آقای یونس بختی» در مقطع سطح سه از حوزه علمیه قم از ماه بهمن سال 1397 شمسی شروع به نگارش شده است.
49ـ «بررسی و نقد شبهات اخلاق اجتماعی ولایی پیامبر (ص) در قرآن با تأکید بر کتاب نقد قرآن دکتر سها» که توسط «خانم نجمه انصاری» در مقطع دکترا از دانشگاه آزادی اسلامی واحد فسا در بهمن سال 1397 شمسی شروع به نگارش شده است.
50ـ «بررسی عذاب اخروی در قرآن با تأکید بر شبهات کتاب نقد قرآن دکتر سها» که نگارش آن توسط «آقای یوسف باصری» در مقطع سطح سه در حوزه علمیه قم از دی ماه سال 1397 شمسی شروع شده است.
51ـ «مبانی قرآنی عدل الهی و پاسخ به شبهات کتاب نقد قرآن» که توسط «خانم سمیه قاسمی» در مقطع سطح سه از جامعة الزهراء (ع) در 21 تیر ماه سال 1397 شمسی دفاع شده است.
52ـ «بررسی فصل 20 از کتاب نقد قرآن دکتر سها» که توسط «آقای مجید بگی» در خرداد ماه سال 1398 شمسی در مقطع سطح چهار از حوزه علمیه قم شروع به نگارش شده است.
53ـ «رویکرد حکیمانه قرآن در آیات الأحکام و نقد شبهات نوپدید» که توسط «آقای سعید مهدوی» در تیر ماه سال 1398 شمسی در مقطع دکترای تفسیر تطبیقی در دانشکده الهیات و معارف اسلامی از دانشگاه قم شروع به نگارش شده است.
54ـ «بررسی شبهات جهنم در قرآن با تأکید بر کتاب نقد قرآن دکتر سها» که از سوی «آقای مجتبی بزرگپور» در مقطع سطح سه کلام از حوزه علمیه در شهر قم از ماه بهمن سال 1398 شمسی شروع به نگارش شده است.
و ...